Hay muchas formas de realizar el tratamiento de las aguas residuales, aunque el método más utilizado son las plantas de tratamiento de aguas residuales (PTAR) tanto municipales como industriales. En estas plantas, los métodos de tratamiento más comunes son los tratamientos primarios, secundarios y terciarios. Los tratamientos primarios consisten en tratamiento físicos encargados de remover los sólidos de mayor tamaño y las grasas y aceites. Los tratamientos secundarios son procesos biológicos en los que actúan microorganismos encargados de la degradación de la materia orgánica presente en las aguas residuales de forma aerobia o anaerobia, esto es, con o sin oxígeno, respectivamente.
El tratamiento terciario consiste en procesos adicionales para la remoción de nutrientes (N y P) mediante procesos de nitrificación-desnitrificación,remoción biológica de fósforo o bien mediante coagulación-floculación.
El tratamiento terciario avanzado, consiste en la desinfección de las aguas residuales mediante la eliminación de patógenos con cloro, ozono o luz UV.
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